В неврологии МРТ назначается при подозрении на нарушения кровообращения в мозге, воспалительные очаги, травматические повреждения, артериовенозные аневризмы, гематомы, опухолевые процессы и демиелинизирующие заболевания и др. В случае острой стадии инсульта, МРТ используется для определения геморрагического или ишемического характера острого нарушения мозгового кровообращения, оценки риска развития инфаркта мозга (инсульта) и определения необходимости назначения тромболитиков. Сканирование также может быть использовано для оценки состояния межпозвонковых дисков и связок, выявления сужений (стенозов) спинномозгового канала и диагностики грыж.
Применение магнитно-резонансной томографии (МРТ) в неврологии существенно улучшило результаты лечения опухолей головного и спинного мозга. Благодаря МРТ возможно раннее обнаружение опухолей, точное определение их местоположения для проведения биопсии, тщательное моделирование плана хирургического вмешательства, а также отслеживание результатов радиологического и химиотерапевтического лечения. Если есть подозрение на наличие микроаденомы гипофиза или невриномы слухового нерва, то также рекомендуется проведение МРТ, так как она способна обнаружить эти опухоли задолго до их видимости на
компьютерной томографии (КТ) и до начала выраженных клинических проявлений.